Moulay Chérif, considéré comme le premier souverain de la dynastie Alaouite, céda le trône à son fils, Moulay Mohamed ben Chérif, après de brèves années de règne. Ce dernier élargit le domaine alaouite. Son demi-frère, Moulay Rachid se rebella, le tua dans une bataille et prit les rênes du pouvoir. Moulay Ismaël ben Chérif, qui se mit aux côtés de son demi-frère triomphant, fut récompensé et prit la gouvernance de Meknès. Après la mort de Moulay Rachid, survenue subitement suite à une chute de cheval, Moulay Ismaël lui succéda. Il avait 26 ans.
À l’époque, le Maroc était divisé en plusieurs tribus. Moulay Ismaël ben Cherif devait combattre ses proches, qui se pensaient plus légitimes au trône, dont notamment son neveu, Moulay Ahmed ben Mehrez, un redoutable ennemi. Il devait aussi unifier le pays et se méfier de l’Europe et des Ottomans en Algérie. Il créa alors une armée forte, puissante et bien organisée, qui lui était totalement dévouée. Grâce à elle, il combattit les Ottomans d’Alger et chassa les Européens des ports de Larache, Asilah, El-Mamoura et Tanger.
Alors qu’il se préparait à une expédition au Sahara, une révolte se déclencha à Fès. Il s’y dirigea, campa sous ses murailles et mena bataille pour la récupérer. Les habitants de Fès firent appel à Ahmed ben Mehrez, qui ne se fit pas prier et vint se mêler au conflit. En même temps, Khadir Ghailan vint d’Algérie, par voie maritime, à Tétouan, où il fut accueilli favorablement. Le pays connut des tensions sans conséquences. Moulay Ismaël se dirigea vers Taza, assiégée depuis des mois par Mehrez, et obligea son neveu à prendre la fuite. Puis il continua vers le nord avec une considérable troupe de combattants et affronta la rébellion. Il finit par tuer Khadir Ghailan puis, déterminé, reprit la route vers Fès, qu’il finit par soumettre. Il réorganisa la ville et y nomma deux gouverneurs, l’un à Fès el Bali et l’autre à Fès el Jadid.
Après cette victoire, Moulay Ismaël continua à construire sa capitale, mais l’occupation de Marrakech par Ahmed Ben Mehrez interrompit son ouvrage. Il marcha alors vers la ville, l’assiégea puis s’en empara, obligeant une seconde fois son neveu à se sauver. Il infligea ensuite une sévère défaite à plusieurs tribus : Chaouias, Haha et Chebanat, et vainquit les rebelles Sandhaja du moyen et haut Atlas. Il finit par mettre terme aux troubles dans le pays et musela les révoltes des membres de sa famille qui avaient des vues sur le trône. Enfin, son projet d’unifier le pays fut atteint.
Moulay Ismaël, le plus grand sultan de l’histoire du Maroc et fondateur de la dynastie alouïte, a régné pendant 55 ans. Aucun monarque n’a encore battu ce record. Il est parvenu à unir un pays déchiré depuis près d’un siècle. Il a réussi à éliminer les menaces de ses rivaux, à unifier le royaume et à en chasser les Anglais et les Espagnols. Grand bâtisseur, il établit sa capitale à Meknès, fit construire des palais et des forteresses gigantesques, donnant par là au Maroc, sous son règne, une renommée internationale, comparable à celle de Louis XIV en France : Alors que celle-ci vivait sous le règne d’un roi bâtisseur, Louis XIV, qui fit réaménager le château de Versailles, le Maroc, lui, vivait sous le règne de Moulay Ismaël, bâtisseur du palais de Meknès, une véritable merveille avec ses jardins, ses portes monumentales, sa muraille qui s’étendait sur plus de 25 kilomètres, et de nombreuses mosquées. Alors que Louis XIV avait des maîtresses, Moulay Ismaël avait des centaines de concubines ; Louis XIV donna naissance à quelques enfants, Moulay Ismaël en engendra des centaines. Il avait même demandé au monarque français sa sœur en mariage. Louis refusa et lui envoya, par la suite, un présent sous forme de deux horloges qui se trouvent actuellement dans le palais de Meknès. Sous le règne de Louis XIV, la France s’était distinguée de tous les pays européens ; sous le règne de Moulay Ismaël, le royaume du Maroc avait connu l’apogée de sa puissance.
